Placówka powstała w 1983 roku jako przedszkole zakładowe. Przez wiele lat jego właścicielem były PEC oraz "Metalchem". Na przełomie 1992/93 przedszkole przekształcone zostało w placówkę miejską.
Innowacje pedagogiczne zainicjowane w 1996 roku - kolorowy dzień, praca z grupą
dzieci zróżnicowanych wiekowo, zostały włączone do programów edukacyjnych
realizowanych w Przedszkolu.
W 1997 roku przedszkole otrzymało status Przedszkola Miejskiego Nr 3.
Pierwszym Dyrektorem przedszkola była pani Grażyna Macur.
Od roku 1991 do 2018 funkcję Dyrektora przedszkola pełniła pani mgr Anita Pakulska.

Od września 2018 r. funkcję Dyrektora przedszkola pełni pani mgr Agnieszka Nowakowska.

W rocznicę 40-lecia Przedszkola, w dniu uroczyście obchodzonego jubileuszu, Przedszkole na podstawie uchwały nr 1182/23 RADY MIASTA TORUNIA z dnia 19 października 2023 r. zyskało swoją patronkę i od tej chwili funkcjonuje jako Przedszkole Miejskie nr 3 im. Marii Kownackiej w Toruniu.